Er studierte Orgel (Franz Falter, Michael Radulescu), Komposition (Dietmar Schermann, Michael Jarrell und Frédéric Durieux) und Kirchenmusik an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien und am Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris.
Ernst Wally ist seit Juni 2007 am Stephansdom tätig und unterrichtete von 2005 bis 2010 Komposition, Tonsatz und Orgel am Wiener Franz Schubertkonservatorium.
Bereits während seines Studiums war er von 1995 - 2002 Hauptorganist der Wiener Karlskirche. Bis heute ist er neben seinem Dienst am Stephansdom regelmäßig als liturgischer Organist an verschiedenen renommierten Kirchen in Wien (Augustinerkirche, Jesuitenkirche, Schottenkirche) tätig und wirkte mehrfach bei Rundfunk- und Fernsehgottesdiensten mit. Während seines Auslandaufenthaltes war er Organist an der Abbaye Sainte Marie de Paris.
Als Konzertorganist trat er sowohl in verschiedenen Ländern Europas als auch in Übersee auf, die Orgelmusik des 20. und 21. Jh. bildet dabei einen Schwerpunkt in seinen Programmen. Weiters wirkte er als Organist seit 2005 mehrfach bei Produktionen mit dem Radio Symphonieorchester Wien mit, u. a. unter der Leitung von Simone Young und Bertand de Billy.
Sein kompositorisches Schaffen umfasst Kammermusik, ein Werk für großes Orchester, Kirchenmusik und Solostücke für verschiedene Instrumente. Auftragswerke u.a. von der Guardini Stiftung/Berlin, der Dommusik St. Stephan Wien (anlässlich des Besuches von Papst Benedikt XVI. in Wien), dem Zyklus "Wiener Orgelkonzert" zu dessen zwanzigjährigem Bestehen (2002) und dem Carinthischen Sommer. Seine Werke werden in verschiedenen Ländern Europas aufgeführt.
Ernst Wally ist Preisträger des 1. Internationalen Orgelwettbewerbes Füssen/Reutte (2000), Semifinalist des Georges Kramer-Orgelwettbewerbes 2003 in St. Maurice/Schweiz, Preisträger des Kompositionswettbewerbes für das Pflichtstück für den 4. Internationalen Franz Liszt Klavierwettbewerb in Weimar (2003) und Gründungsmitglied der Komponisten- Interpretengruppe Ensemble Lux.
